(二)具体评估方法的应用方面
1.资产基础法的应用方面：在使用资产基础法对轻资产公司进行评估时，未评估其无形资产;对于递延所得税资产(负债)、坏账准备等会计准备类资产的估值，以及采用市场法对土地进行评估时是否需要扣除所得税，尚未形成统一做法，差异较大。
2.收益法的应用方面：预测假设方面，部分评估报告存在滥用假设的情况，一些假设明显不合理，如以管理层预测的收益能够实现为假设前提，或者以标的公司能够取得某种资质或者某个药品能够拿到批文为前提，个别报告假设重组方案能够顺利进行为前提;收益预测分析、宏观经济形势分析、行业分析、竞争优劣势分析等没有系统性，预测时机械套用5年后稳定的模式;个别风险系数的计算较为随意，没有与评估假设、收益预测、企业的经营管理风险等联系起来，确定数值的时候缺乏细致的分析及数据支撑，极易成为操纵评估值的手段。
3.市场法的应用方面：市场法应用最核心的事项是可比案例和可比指标的选择及修正，主要存在以下问题：在选择可比案例和可比指标时对其可比性及可比指标是否反映企业价值等考虑不充分;未对可比案例与被评估企业的差异进行恰当调整;评估修正过程主观判断因素较多，合理分析内容较少，缺少说服力，评估结论参考性较小;在考虑流动性折扣和控制权溢价方面，评估机构间处理方式不统一;在调整事项方面存在不一致。
(三)评估报告披露方面
对被评估单位的经营模式、核心竞争力、主要竞争者、盈利模式等关键因素未进行充分分析及披露，不利于报告使用者对被评估企业形成整体定位。未对被评估企业的可持续经营能力进行分析判断。对估值的关键参数及其取值的合理性未进行披露，如营业收入、毛利率、折现率等指标。对于合理理解评估结论的一些特别要素未进行特别披露，如预测期毛利率与企业基准日实际毛利率、行业平均毛利率的差异及差异原因分析，收入/毛利率/折现率等主要因素对评估结论影响的敏感性分析，特殊假设(如税率)对评估结论产生的影响等。
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