1916年1月，蔡元培撰写的《石头记索隐》开始在《小说月报》连载，次年由商务印书馆结集出版，一时坊间热传而多次再版，至1930年已出至第十版。蔡元培认为，《石头记》，也就是《红楼梦》一书，旨在排满，是一本宣传复明灭清之作，并进一步将小说中的人物与历史人物对号。在他看来：“《石头记》之为政治小说，绝非牵强附会”。
1921年，胡适发表了《红楼梦考证》一文，批评蔡元培的《石头记索隐》是“大笨伯”猜“笨谜”，为此他列举了大量史料，论证曹雪芹是《红楼梦》的作者，《红楼梦》是曹雪芹家世自述，进而倡导建立科学研究的新红学。但是，争论并未到此结束。1922年，蔡元培在《石头记索隐》第六版自序中再次阐述了自己的观点，指出研究作者与版本固然重要，但小说中的故事情节“绝非无考证之价值”。在以蔡元培为首的索隐派看来，新红学的研究不过是五十步笑百步，从而为红学领域的长期论争埋下了伏笔。
1972年，台湾出版了杜世杰的《红楼梦原理》，后来又出版了增补本的《红楼梦考释》，坚持蔡元培的思路并将其发展，认为《红楼梦》的作者不是曹雪芹，而是“抄写存”或“抄写勤”的谐音。作者应该是吴梅村。吴梅村是明末清初的著名诗人，心怀亡国之痛，不能补天而深自愧悔，所做之诗多隐史含事，从而符合《红楼梦》的作者身份。
新世纪以后，以刘心武为影响最大的索隐派在大陆也不绝如缕，其核心也基本是蔡元培《石头记索隐》的延伸与发展，将康雍乾三世的历史与《红楼梦》中的情节、人物进行对比研究，诸如贾宝玉是石头变的，是假玉，是假传国玉玺。围绕宝玉而进行的钗黛之争，实质是明清之争。黛玉是明朝的代表，宝钗是清朝的代表。蒋玉菡是明太子，将玉含着也！胡庸医乱用虎狼药，引得宝玉大骂，表面是骂胡庸医，其实是骂清政府等等。
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