一、目前我国民办高校院系教学管理的现状
当前许多民办高校的院系教学管理都还存在着许多不足之处，还不能适应加快高校内涵建设、深化教学改革、提高教学质量、培养特色人才的迫切需要。
1、组织机构设置常规化。高校教学管理无非就是对教师、学生、教学资源、教学资料等的管理。但这些管理过程中，对学生的管理是最难的。民办高校的学生生源跟公立高校比较起来，学生的素质相对较差，管理难度更高，灵活性要求更强。这些就为民办高校的院系教学管理提出了新的要求，要求我们必须要有适合这群学生的、特色的管理机构和管理机制设置。
2、缺乏具有专业教学管理素质的人才。以南昌理工学院经济管理系为例，教学行政管理人员很大一部分是企业离、退休人员。首先是他们自身对教学管理工作认识不到位，认为教学管理就是周而复始地排课、调课、听课、检查。其次是部分教学办公室人员学历偏低，没有专业管理经验，同时又缺乏教学管理方面的新知识。
3、存在人情化管理倾向。主要表现在民办高校的教师队伍里有一部分是公立高校退休的老教师或者企业职工，这部分教师的年龄基本上是属于中老年阶层，在执行教学任务时不遵守院系的相关规定。而教学管理人员碍于情面也允许其这样做。这样的管理方式不利于教职员工积极性、责任心和职业道德的培养。
4、缺乏合适的激励机制。许多民办高校对于教职员工的激励基本上只有学校层面的激励，二级院系根本不存在激励机制，或者有的也只是胡萝卜加大棒的政策。激励不到位或者不合适不利于调动员工工作的积极性和主观能动性。
二、对于民办高校院系教学管理的`几点思考
1、组织结构合理化。民办高校的院系组织结构的设置比公立高校要求更高。首先是民办高校资金不足，这要求民办高校需要运作效率更高的组织结构与之相适应。再者，民办高校办学层次较低、学生素质差异大，这要求民办高校院系组织结构的设置必须要有自身的特点，比如设置专门的学生应急处理办公室、德育教育中心和学生心理疏导机构等等。有一个合理的组织机构，才能更好的发挥民办高校院系教学管理的职能作用，才能培养出真正社会需要的人才。
2、建立原则性和灵活性相结合的管理模式。首先教学管理的原则性是体现在教学管理过程中的制度化，再者这里所说的灵活性不是指的人情化，而是指在教学管理过程中既要严格遵循教学管理的相关制度，又要实行企业式的人性化关怀，坚持以人为本的管理方式。
3、激励方式正确化。目前许多民办高校的激励方式是惩罚为主、奖励为辅。例如，部分学校实行的教学质量评估体系，凡是学期末通过学生、领导评教不合格的教师就取消职称评定资格或者取消上课资格，而对于评教优秀的教师又没有相应的奖励。这种方式，最终只会导致教师争上简单或是熟悉的课程，不上难度系数大的课，使得本来是促进教学质量提高的评价体系，结果却适得其反。因而对于民办高校来讲，应采取奖励为主的正向激励方式。
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