“独立学院是指由普通本科高校以有形和无形资产为股份而创办的、以非财政拨款的社会资源为主要经费来源、以董事会领导下的院长负责制为主要领导模式、采取民办高校运行机制而建立的、完全实行‘六个独立’的本科层次的学校。”从制度变迁的视角看，独立学院是一种诱致性制度创新的产物，它在母体高校的基础上嫁接民办教育，是一种教育的特殊现象。作为制度性变迁的结果，独立学院自创办以来就带有先天缺陷，面临不可规避的三大困境，即制度困境、办学困境和管理困境。制度困境体现在一直由政策引导的独立学院缺乏更为具体的法律和规章制度的规范与监督，相关法律的模糊性导致了独立学院的双轨性与过渡性，致使许多独立学院办学不符合标准也未及时得到匡正，始终游走于法律的灰色地带。制度设计本身的矛盾使得独立学院在实际运行中出现了“公办”与“民办”性质界定不清、对母校依存性强以及教育质量差等现实弊端，而这些现实困境背离了相关政策对独立学院办学所要求的“民、独、优”的办学原则。显然，这些办学困境必然会反应在实际的管理困境当中。缺乏民办、独立和优质教育特点的独立学院，在管理中存在着克隆母体高校、一味以赢利为目的等问题，形成了独立学院内部管理稚嫩、刻板无序、质不优与价不廉的危机状况。
以往众多学者对独立学院的研究多从外部的制度、政府规范管理的角度剖析问题，却忽略了独立学院自我效能的发挥，缺乏对其内部管理作用的相关探究。虽然政策因素是独立学院发展中出现问题的根源，但外因要通过内因才能起作用，内部管理困境是独立学院需要正确对待的自身管理问题。独立学院只有明晰当前内部管理困境才能加强主体意识、转变办学观念，只有改善内部自我管理才能提高办学质量、达到规范办学的一应要求，从而促进独立学院持续健康发展。
一、独立学院内部管理困境的表现
1.招生与就业困境
独立学院的迅速壮大是以充足的生源为依托的，是否拥有理想的高质量的生源影响到学院的发展前景。当前我国独立学院招生延续二级学院招生准则，各省招生办公室在本科层次和专科层次划定录取线，以本科三批层次录取。相关数据表明：2009年，全国高考报名总人数2 020万人;2010年，下降为957万人;2012年，已降到915万人;2013年下降趋势仍在持续。而中国新生儿在1990年达到峰值2 400万人，随后开始下降，这种情况持续到2009年，即2010年后新生儿的数量才“止跌上扬”。依此数据估算，高考生源数量的下降会延续到2017—2020年前后。可见，独立学院招生面临严重挑战，处在进退两难的招生困境之中。一方面，独立学院校生源连年减少，在竞争激烈的生源大战中处于弱势地位。职业院校的大力发展造成独立学院的地位与功能无形中被弱化，高昂的学费使得学生和家长更愿意选择专科院校。同时，一批新升的本科院校不仅挤压独立学院生源份额，而且还抢占其优质生源。另一方面，由于国家不承担任何财政拨款，独立学院建设和发展所需经费均由合作方承担，向学生收取高额学费是办学经费的主要来源。高校合作者为争取利益最大化，缓解生源减少带来的财政危机，一般都会采取扩招手段，有的院校甚至在招生中出现欺诈行为，以不实的宣传吸引学生，进而产生一系列恶性循环，导致招生更加困难。
就业难题是目前整个高等教育难以解决又不可回避的问题，独立学院学生就业压力更甚。一是，学生就业方向不明，就业渠道不畅。很多独立学院在学生入学时没能结合专业培养方案给学生提供明确的就业目标，也极少与当地产业链结合而为学生提供就业实习机会，这种“只管入、不理出”的培养模式造成了学生就业困难。二是，学生没有一技之长，就业竞争力弱。与职业院校的毕业生相比，独立学院学生缺乏实用技能的训练，在岗位竞争中专业对口性低、技能不足，再加上培养周期过长，无法为当前人才紧缺的岗位及时输送毕业人员，整体就业竞争力不强。三是，毕业生社会认同度差，出现身份认同危机。与普通院校相比，虽然同是本科层次培养，独立学院毕业生求职过程中始终贴有“三本”标签，用人单位对其本科文凭和能力也会持有怀疑态度，如何与普通本科生拥有同等的就业竞争力也是独立学院学生就业的难题之一。
2.师资队伍建设困境
(1)教师队伍结构不合理。首先，独立学院兼职教师比例过高，多数教师是从母校聘用过来的兼职教师，缺乏相对稳定的专职队伍。其次，整个院校教师年龄层次不合理，要么聘用离退休老教师，要么是聘用应届毕业生，作为高校组织的中青年骨干教师数量却较少，这就出现了教师梯队的“断层”。再次，教师人员数量不足，按照国家有关部门的规定高校师生比至少达到1∶18，而目前大多数独立学院远未达到这一标准，主要原因是独立学院为节省用人成本压缩教师人数。最后，教师质量有待提高，从高校聘请或派遣的教师很多都缺乏教学经验，尚需要进一步培养和提升。而在校返聘的老教师由于精力有限，缺乏对新的教学方法和手段的掌握，很难带动学科专业的发展。
(2)教师流动性高，缺乏归属感和责任心。在当前人才激烈竞争的大环境下，独立学院很难与公立高校竞争，难以吸引和留住学科带头人以及热门专业的骨干教师。由于独立学院办学的特殊性，教师的工作环境、待遇和发展前景与普通公立高校教师仍存在一定的差距，因而教师的流动性特别高。很多教师都把独立学院当作谋求更好出路的临时跳板，缺乏归属感，一旦有机会他们就会辞职跳槽。再者，独立学院的师资管理往往采用企业式管理模式，难免带有一定的商业色彩，校园文化氛围不足;难以形成浓厚的学术氛围。部分留任的教师缺乏主人翁意识，更关心自身利益而非学院的发展，在教学中心不在焉，责任心不强，工作动力不足，教师间凝聚力不强，没有形成共同的价值观念，这都势必会影响独立学院的办学质量。
(3)用人管理制度不完善，激励、培训和监督机制的匮乏。独立学院的办学模式决定了要有部分母校的兼职教师参与到学院教学和管理中，这无形中加大了管理难度，很难形成统一的专兼职教师管理模式。而且，独立学院缺乏对教师的有效激励制度，晋升、休假和待遇都很难满足教师的需求，尤其缺乏相应的精神激励制度，对于归属感不强的教师队伍而言，其凝聚力和敬业程度会受到不同程度的影响。再者，独立学院培训制度或是执行不规范、敷衍了事，缺少相应的职后培训评价体系，或是不重视培训，这使得教师缺少一个提升自身的平台，对教师的专业创新和技能提升形成了不利影响。此外，独立学院监督不力，难以形成和执行有效的绩效考核制度。现有的绩效考核指标多是母校指标的副本，然而这些指标对独立学院的教师进行评定和评估并不完全适合，且过分注重科研水平这一评判标准，难以调动起其教师的积极性。
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