在给企业带来便捷的同时也带来了企业内部控制的新的问题，对企业内部控制提出了新的要求。
一、与传统会计相比，实行电算化后企业的内部控制环境发生了变化
会计电算化是利用电子计算机进行会计数据的处理，从而实现会计数据处理的电子化操作。由于计算机的介入使得会计核算环境发生了很大变化，会计部门的组成由单纯的财务人员转变为包括财务人员、计算机处理系统的管理人员和计算机专家的组合。这一变革对于提高会计核算的效率，促进会计核算工作的标准统一，提高经营管理水平，促进会计工作的进一步发展，促进会计职能的进一步发挥，提高对经济活动的监管水平都具有十分重要的作用。
网络环境下会计信息系统的数据处理突破了原有的封闭式的系统环境。企业的内部控制不再局限于企业的内部，而是扩展到企业与企业之间、企业与客户之间、企业与国家之间。利用互联网的优势可以实现内部控制的宏观化，扩大企业的内部控制范围，会计信息的网上实时处理成为可能，原先应由会计人员处理的有关业务事项，现在可能由其他业务人员在终端机上一次完成;原先应由几个部门按预定的步骤完成的业务事项，现在可能集中在一个部门甚至一个人完成。
二、与传统会计相比，内部控制的内容也更加广泛
在电算化方式下，内部控制的内容在传统方式的基础上，又出现了许多新的问题，主要有以下几个方面：
业务信息与财务信息的有机统一。
当企业的信息集成还仅限于部门内部时，财务人员与业务过程完全脱节，则对于一些不合理的业务，其仅仅只能从财务的角度判断单据是否可以入账，如是否有领导签字、单据是否齐全等，而对业务本身内容的合理性无从判断，如当一张价格严重失真的采购发票传递到财务人员这里，由于不知材料的真实价格，其在经过简单的复核后只能根据发票付款，从某种意义上说，其只能起到一个记录员的作用而不是控制员的作用。企业内和企业间的信息集成可以提供足够的信息量，使工作人员可以根据各部门提供的综合信息判断业务的合理性，从而避免错误的数据进入系统，使工作人员从事后控制转变为事中控制成为可能。因此，工作人员可以在数据采集端完成更多、更实时的内部控制任务。
人为的干预大为减少。
高度的信息集成使人为的干预大为减少，业务部门人员负责原始电子单据的录入，很大程度上减少了会计人员的'工作量，而且电子单据也可以通过先进的条码识别技术、电子货币转账技术等进行录入和传递，从而保证了输入的快捷和准确，而如果再对电子单据的格式和内容加以规范，就会使记账凭证的自动生成成为可能。
决策权下移。
由于原始数据采集端前移至业务部门，因此决策权也下移到业务部门，关于业务的审核如其合理性、正确性也由业务部门来负责，会计部门的工作也相应地由核算转变为管理和决策。
内部控制的外部化。
传统的企业内部控制侧重于内部管理，随着网络的发展、信息集成度的提高，企业内部控制的范围不再局限于企业内部，完全可以通过互联网进入其合作伙伴的信息系统，实现内部控制的外部化。
三、加强电算化系统的内部控制制度建设的具体措施
保证输入口数据的正确性。应建立起完善的审核机制，除了软件自身的检查控制，审核人员还特别要针对一些软件无法检查出的错误进行认真的审核，并建立安全有效的数字签名制度，确保电子单据不会被篡改、假冒、否认，并通过数字签名技术明确责任。这就要求一切数据的处理方法和过程都必须规范化，并保持准确性和相对的稳定性，这样才能保证会计信息质量的真实性、完整性和准确性。
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