随着IT技术和网络技术的发展应用，电算化会计信息系统环境下的内部控制面临新的问题和挑战。如何应对挑战，财政部2001年发布的《内部会计控制规范――基本规范(试行))第二十六条中对此作了明确规定，“电子信息技术控制要求运用电子信息技术手段建立内部会计控制系统，减少和消除人为操纵因素，确保内部会计控制的有效实施。
一、电算化会计信息系统中建立内部控制制度的必要性
(一)手工记账系统的会计数据是用可视的文字、符号直接记录在纸上的，这种记账方式有较好的直观性，甚至笔迹也可以成为控制的手段。采用计算机集中地对数据进行处理后，由人工形成并掌握的.信息便越来越少。当会计数据以肉眼无法识别的形式存储在磁盘上，人的判断作用便降低了。同时，由于计算机系统的透明度较高，因此，对数据的安全性、保密性进行的控制就变得尤为重要。
(二)计算机对会计数据的处理是在一个封闭的系统中进行的，其中有许多的处理过程对会计人员来说是“暗箱”，会计人员无法直接参与和控制，会计数据处理的准确性完全取决于应用程序和硬件的可靠程度，因而电算化会计系统必须建立起在计算机处理方式下特殊的内部控制。
(三)在手工记账方式下，会计核算的质量取决于会计人员的业务水平、工作态度及对有关会计法规的理解程度和执行效果。财务部门经过长期的实践已积累了大量的经验，建立起了一整套的管理制度。实现会计电算化后，许多传统的控制方式失去了存在的基础，必须有新的方式取代它。会计工作的质量除受原有因素的影响外，还将取决于计算机系统的可靠性和会计人员自身对新系统的操作管理水平。在这种旧的数据处理方式未被完全取代而新的方式尚未成熟的时期，会计信息失真的风险比以往任何时候都加大了。为了顺利地渡过这一时期，减少转换风险对会计信息的威胁，电算化会计系统更应当建立起一套新的管理控制制度。
二、电算化会计信息系统环境下内部控制的主要内容
电算化会计信息系统的一般控制。一般控制是指任何电算化会计信息系统普遍适用、为系统的安全可靠而对系统构成要素(人、硬件、软件)及环境实施的控制。
组织与管理控制是指通过部门的设置、人员的分工、岗位职责的制定、权限的划分等形式进行的控制，其基本目标是建立恰当的组织机构和职责分工制度，以达到相互牵制、相互制约、防止或减少错弊发生的目的。加强对财务会计电子信息系统开发与维护、数据输入与输出、文件储存与保管、网络安全等方面的控制。
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