企事业单位不能按照国家税法规定的标准计税，而是擅自采用独创方法，导致国家税收漏缴。具体表现如下：第一，有的企事业单位的财务人员不按税法规定的月计税方式计税，而是采用年计税方式。第二，采用失效的方法计算纳税人一次性所得收入，如奖金，年终加薪，劳动分红等收入。第三，采用临商税的方式计缴返聘或聘请的工程技术人员的薪金、报酬、稿费、技术服务费等。第四，采用纯益率或附征率计税方式计算不能提供完整、准确资料的承包、租赁的职工税额。第五，有些企事业单位擅自扣减职工工资或工资外收入后再计算纳税，有些单位擅自提高养老、失业保险、住房公积金和医疗保险扣除标准。
纳税人数最多，征管工作最大的税种要属于个人所得税，要做好个人所得税的征管工作，就必须依靠先进的科学技术和先进的技术装备。但由于我国现行的个人所得税的征管手段落后，对纳税申报和税务稽查依然采用手工操作方式。在现实管理中，仍不具备现代化的管理模式，税务人员的业务素质较低，对偷税漏税人员惩处力度不大，难以造成一定的威慑力，另外，由于逃税收益大于违规成本，致使一些纳税人存在投机心理，冒触犯法律的.危险逃税和漏税。
为了约束纳税人和扣缴义务人行为，为了给税收检查、稽核提供可靠依据，应建立收入监控体系，使用银行卡交易，实行个人收入显性化，准确掌握个人收入项目、收入形式，经济活动等情况；建立个人专门档案，实行重点监控管理；建立扣缴义务人支付个人收入明细表制度，依据居民身份证、组织机构代码建立纳税人和扣缴义务人编码制度，以约束高收入行业人群。各项制度的建立有利于加强与公安机关、技术监督部门的配合，加强代扣代缴管理和检查。
作为税务部门应通过各种媒介加大税法宣传，不定期的教育重点纳税人和扣缴义务人，以增强人们的纳税意识，使其树立纳税光荣的观念。同时，作为个人所得税代扣代缴工作的执行者，会计人员要切实掌握税法的相关规定，掌握有关政策精神，认真审核原始凭证的真实性与合法性，依据个人所得税的减免规定编制个人收入帐目，准确扣缴应征项目的个人所得税额。税务执法部门对扣缴义务人的违法行为，对偷税、漏税、抗税人违法行为进行严打，处罚力度要大，以提高一定的威慑力，使其不敢或无国再违法。
实行并普及计算机网络管理，通过网络实行税务登记、纳税申报、税款征收，以及收集和查询纳税资料。全方位、全过程监控税务的征管工作，分析税源变化和政策的执行情况，实行网络资源共享，加强部门间协作，以提高信息处理的速度和准确度。在纳税申报环节，应建立纳税人独立申报和扣缴义务人代扣代缴相结合的双向申报制度，实现纳税人与代扣人之间相互核对，相互监督，实现信息平衡。税务部门根据扣缴人申报的和纳税人自行申报的资料以及自身通过多种途径获得的资料建立纳税人档案，以便有效监控税源。采用以上方式，易使纳税人逐步形成自觉申报纳税的潜意识，有利于提高我国公民的自觉守法的综合素质和水平。
总之，代扣代缴是我国当前个人所得税征收的主要途径，只要建立高效的征管体系，增强全民的纳税意识，加大执法力度，会计人员恪守职业道德，就能提高我国个人所得税的代扣代缴工作。
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