台湾大学的工作，真是千头万绪，傅斯年像一个飞转的陀螺，从睁开眼上班，就这样飞快的转动，直到下班，也还没有停下来，很多没有做完的事还要拿回家里去做。他在美国看病出院时，美国大夫就告诫傅斯年，你回国后，不要担任繁重的行政管理工作。否则，你的高血压病会复发的。到那时后果将不堪设想。
1950年春天，因工作过于劳累，高血病复发，好不容易治好，夏天又得了胆结石，住院仅一周，便出院投入了紧张的学校工作。
1950年12月20日上午，傅斯年出席蒋梦麟主持的农复会的一次会议。会议主要讨论农业教育，改进和保送台大学生出国深造问题。会上，傅斯年提了不少意见。他有时用汉语发言，有时用英语与出席会议的英国人交谈。
饭后，稍事休息，便赶往省议会厅，参加下午2点召开的省参议会第五次会议。参议员们就教育行政方面提出不少咨询问题。有时傅斯年上台回答参议员的问题，但多数问题由省教育厅厅长陈雪屏予以回答。这时傅斯年身体感到不适，面色苍白，有头昏目眩的感觉。因为晚上6点，邀请了机关有关人员在家里讨论台湾政府与台大合办“血清疫苗制造所”的事，在两点多钟时傅斯年曾打电话给秘书那廉君，让他把傅斯年亲自起草的合作条款送回家，并定一桌晚上鹿鸣春饭店的酒席。
此时，傅斯年感觉太累了，想休息一下，但没有空闲。5点40分时，参议员郭国基开始提问有关台大的问题。郭问：“政府从大陆抢运来放在台大的器材是怎样处理的?目前仍有很多学生难以入学，台大是否可以放宽尺度，进一步扩大招生数量?”这个问题非得傅斯年回答不可，他走上讲台，来回答这个非常棘手的问题。因为招生尺度已经放宽，招生数量已达最大限度，但社会各界仍不满意，以各种方式给学校增加压力。
傅斯年回答说：“存放台大的器材当然要遵照政府的意见处理。杨茹萍的贪脏盗窃案已告一段落，以后台大将采取措施，严加防范，今后不会再有类似事件发生。至于台大的招生人数，已是一增再增，远远超过了台大的最大容纳数量，师资、设备、学校宿舍等的使用都已达到最大限度，所以台大放宽招生尺度，增加学生数量之事应放在这些基本办学条件得到解决之后再议。”接着，傅斯年谈起了他的办学理想和办学原则。‘贤士多出于贫寒之家，环境严峻才能锻炼出人才来。学生用功了，尤其是穷学生用功了，社会风气自然会好，社会秩序自然也会好起来。
傅斯年越讲越激动，竟疾呼：“奖学金制度，不能废止，对于那些资质好，肯用功的学生，仅仅因为没有钱，而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。
这是他满脸的倦容一扫而光，只有崇高和圣洁。他高声说道：“我们办学，应先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有安定的求学环境，而只要求他们认真读书，那是不近人情的!”
在场的参议员被他的话打动了，大家一阵振奋，感到有这样一位大学校长，教育有希望了。
6点10分傅斯年的话讲完了。当他离开话筒的时候，感到头昏目眩，走下讲台时，脚步凌乱，身子摇晃起来，脸色苍白，如同白纸。陈雪屏赶紧上前搀扶。傅斯年手按前额，说“不好!
傅斯年倒在陈雪屏身上。他感到头涨得老大，突然一根弦“蹦”的断了，身子好像气球一样飘起来，他感到已飘到天空，他好像看见了老朋友陈布雷，又看到段锡鹏向他走来，他感到太累了，终于踏实地睡上一觉，他笑了。
大家看到傅斯年昏过去，便把他扶到列席座位上，让他躺下。会议暂停。
参议员中的医生刘传来赶紧上前，给傅斯年诊治，初步诊断是高血压病复发。陈雪屏打电话通知台大附属医院，并通知傅斯年夫人俞大綵。
稍后，陈雪屏让傅斯年的司机杨国成开车回家去接夫人俞大綵。司机一见夫人俞大綵，连说：“不好了，校长不行了!校长昏倒了!”
俞大綵在秘书那廉君的搀扶下，上了汽车，驱车赶到省参议会。会议已经停开。傅斯年躺在几把椅子临时搭成的.床上。俞大綵俯身在傅斯年的耳边，一遍遍叫他的名字：“孟真，孟真!”不管怎么喊，傅斯年已经听不到了。俞大綵握着傅斯年还略有点温暖的手，继续呼叫他的名字。
这时台湾大学附属医院院长魏火耀，台大医学院代院长叶曙，副教授王大杰都赶来了。王大杰诊断，傅斯年是脑溢血。于是立即采取抢救措施。俞大綵看了看昏迷中的傅斯年，又抬头看看医生及周围的人，一种举目无亲的感觉涌上心头。此时，四哥大维正在美国就医，八弟大纲正在香港上班工作，六姐大紱任北大农学院院长，其他两位姐姐在北京北大及燕大担任英语教授，都不在自己身边。
医治方案拿出来，抽血降压。效果并不显著。
7点30分，国防医学院院长卢致德及有关的专家四五人也赶到了。诊断结果一样，于是继续抽血。
前来探视的人越来越多，台湾政界、学界的人都闻讯赶来了。朱家骅、罗家伦、陈诚、王世杰、何应钦等政府要人，李济、董作宾、毛子水、英千里等台大教授，也都赶来探视。
蒋xx也打来电话，询问病情。并要陈诚每半小时报告一次傅斯年的病情。特别嘱咐让台湾最好的医生抢救傅斯年。
9点30分，傅斯年的血压降到180毫米水银柱，体温也降到38度。大家松了一口气。
晚11点，傅斯年的病情迅速恶化。血压升到230毫米水银柱，体温升到40度。医学专家们想拿出一套完善的抢救方案，但是已经来不及了。11点23分，一代学人傅斯年溘然与世长辞。终年54岁。
医生宣布这一令人悲痛的消息。全场悲戚，有的哭出声来。
午夜1时，天降滂沱大雨。傅斯年的遗体移到极乐殡仪馆。朱家骅、王世杰、屈万里等10余人，冒雨跟在灵车后面。
次日，台湾大学宣布停课一天，以悼念傅斯年校长。
12月22日，傅斯年的遗体大殓。自早上7点，悼念的人流不断。殡仪馆的院子里、大厅里挤满了人。里面有学者、政府要员、傅斯年的亲友、史语所的同仁、台大的学生。朱家骅、罗家伦、王世杰、蒋梦麟、钱穆、毛子水、陈诚、于右任等来了。于右任身体虚弱，只能拄杖前来。
10点30分，傅斯年的遗体送往火葬场。此时天仍下雨。披着黑纱的灵车在雨中缓慢前行，上千人在雨中为傅斯年送别，学生手拿小旗为自己的校长送行。小旗上写着：“校长，回头看看我们吧!”
12月23日，治丧委员会在台大法学院礼堂举行傅斯年追悼会。有5000余人参加追悼会，前来拜祭。各界送来挽联、挽诗、挽词、祭文、唁电难以尽数。蒋xx亲临礼堂祭奠傅斯年。
史语所的挽联是：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一暝;
五百年名丗奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学师生的挽联是：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤?浮海说三千弟子;
忍看铭旌，飞满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
傅斯年的儿子，远在美国的仁轨，得知父亲的噩耗后，悲痛自不待言，但他坚强的写信给母亲俞大綵说：“……父亲走完了他艰苦的旅程，现在是他静静安息的时候了。妈妈，不要伤心，不要流泪向人倾诉你心中的悲痛，更不要因家庭贫困，哭泣着向人乞怜。我们母子要以无比的勇气，来承受这巨大的打击，我们不需要别人的怜悯，而是要争取人们对我们的尊敬。”
看来仁轨是长大了。
1951年12月23日，傅斯年逝世一周年。台大为纪念傅斯年校长，特在实验植物园内建造了一座罗马式纪念亭，亭中用大理石砌成长方形墓一座，目前为无字碑和喷水池。园中有兵工署捐赠的纪念钟一座，上面刻有傅斯年题的校训：“敦品、励学、爱国、爱人“，蔚为壮观。
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