清正廉明
庆历元年（1041年），包拯调任端州知府，又升任殿中丞。端州出产砚台，此前的知府趁着进贡大都敛取是贡数几十倍的砚台，来赠送给当朝权贵。包拯命令制造的砚台仅仅满足贡数，他在任满一年没拿一方砚台回家。
不久，拜监察御史里行，改任监察御史。当时张尧佐除任淮康军节度使、群牧制置使、宣徽南院使、景灵宫使，右司谏张择行、唐介与包拯一起奏论此事，认为应追夺对张尧佐的任命，或者选择宣徽、节度中的一个授予。最终，张尧佐辞去了宣徽使、景灵宫使之职。
包拯又曾经建议说："国家每年向契丹交纳财物，不是抵御戎人的计策，应该操练军队选择将领，致力于充实边境守备。"又请求重视门下封还驳正的制度，以及废黜贪官污吏不得做官，选择郡守县宰，推行考核试用补任恩荫子弟的方法。当时各道转运加按察使，他们上奏弹劾官吏大多指摘细小过失，注重苛刻严察相互标榜，官吏自觉不安，包拯因此请求免去按察使。
一次，他出使契丹，契丹命典客对包拯说："你们不久前在雄州城开了便门，就是想引诱我国的叛徒，以便刺探边疆的情报吧？"包拯说："你们的涿州城曾经也开过便门，刺探边疆的情报为何一定要开便门呢？那个人便无言以对了。
后历任三司户部判官，出京任京东转运使，改尚书工部员外郎、直集贤院，调任陕西，又调任河北，入朝任三司户部副使。秦陇斜谷务所的造船木材，一概向百姓征收索取；又七个州交纳河桥竹索的赋税，一般有几十万，包拯都奏请加以废除。契丹在邻近边塞地区集结军队，边境州郡渐加戒备，命令包拯去河北调发军粮。包拯说："漳河地区肥沃的土壤，百姓不能耕种，邢、沼、赵三州农田一万五千顷，一概用来牧马，请求把这些全都分给百姓。"听从他的意见。解州盐法规定使百姓困竭，包拯前去加以经营管理，请求一概与商贩流通交换。
又受任为天章阁待制、知谏院。多次论述斥责权贵得宠大臣，请求免去一切由内廷施予的曲意恩赐。又依次递上唐魏徵的三条奏疏，希望放在座位右侧，作为借鉴。又上言天子应当明于听取采纳，分辨朋党，爱惜人才，不坚持先入为主的说辞，一共七件事；请求废除苛刻不宽厚的做法，抑制侥幸投机得官，正刑法明禁令，戒除兴建劳作，禁丘妖言妄说。朝廷大多加以施行。
除任龙图阁直学士、河北都转运使。曾经提议太平无事时把军队调到内地，没有答复。至此时，请求："解除河北驻守军队，把他们分布在黄河以南的兖、郸、齐、濮、曹、济各郡，如果有紧急情况，没有误时的忧虑。如果说驻守军队不能立刻削减，请求训练民兵，稍加供给干粮，每年的费用，不到驻守军队一个月的开支，一个州的赋税，那么供给的人数就多了。"没有答复。调任知瀛州，各州用官府的钱做买卖，年累计亏负十多万，都上奏加以除去。因丧子请求任政务清简的郡职，知扬州，调任到庐州，迁升刑部郎中。除龙图阁直学士、河北都转运使。
开封府尹
后因担保推荐官员失误获罪，贬官授兵部员外郎、知池州。恢复官位，调任江宁府，召任权知开封府，迁升右司郎中。
包拯在朝廷为人刚强坚毅，贵戚宦官因此而大为收敛，听说的人都很害怕他。人们把包拯笑比做黄河水清一样极难发生的事情。小孩和妇女，也知道他的名声，叫他"包待制"。京城里的人因此说："暗中xing贿疏不通关系的人，有阎罗王和包老头。"按旧规矩，凡是诉讼都不能直接到官署递交状子。包拯打开官署正门，使告状的人能够到跟前陈述是非，办事小吏因此不敢欺瞒。朝中官员和势家望族私筑园林楼榭，侵占了惠民河，因而使河道堵塞不通，正逢京城发大水，包拯于是将那些园林楼榭全部毁掉。有人拿着地券虚报自己的田地数，包拯都严格地加以检验，上奏弹劾弄虚作假的人。
升迁谏议大夫、权且代理御史中丞。包拯上奏说："太子的位置空缺已经很久了，天下人都为此感到担忧，陛下这么长久地不作出决定，（）是为什么呢？"仁宗问他说："你认为立谁为好呢？"包拯回答道："臣下无能，还没有考虑，臣请求早立太子，是为宗庙万世之大计着想的。陛下问臣想立谁，这是怀疑臣。臣已是六十岁的人了，又没有儿子，并不是为自己和后代邀宠考虑的啊！"仁宗听了大为高兴，说："这件事还要慢慢商议。"他请求裁减内侍，减少不必要的费用，按条文督促各路监司尽忠职守，御史府可以自己举荐所属官员，减少官吏一年的休假日期，这些建议都得以施行。
蹊田夺牛
张方平任三司使时，由于买土豪的财产，包拯上章将其弹劾免官；宋祁接替了张方平，包拯又弹劾他；宋祁被免后，就由包拯以枢密直学士暂代三司使。对此欧阳修说："包拯是所谓牵牛踩踏了田而夺了人家的牛（蹊田夺牛），处罚已经很重了，可他又贪图肥缺来做那个职务，不也是过分了吗？"包拯因此待在家里，以躲避代理三司的命令，过了很久才出来任职。
嘉佑六年（1061年），升任给事中，任三司使。几天以后，拜枢密副使。不久，调任礼部侍郎，但他推辞不受。
溘然长逝
嘉佑七年（1062年）五月，包拯在枢密院视事时，突然得病，数日后，因病逝世，终年六十四岁。获赠礼部尚书，谥号孝肃。
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