(二)研究方法的多样化
纵观有关留守儿童的研究，定量调查研究的比例远远超过定性研究。量化研究方法只能收集到一些表象的信息和数据，缺少对留守儿童日常生活和内心感受的体验，很少涵盖和触及那些隐藏在表象背后的深层次原因，使研究结论显得生硬而表面化。此外问卷研究是基于一定的假设进行设计的，该假设不可避免具有片面性，以这样的数据得出的研究结论其信效度很难得到保证。由于儿童的成长是一个随时间不断发生变化的过程，只有深人社区长期观察他们所接触的人和事物，才能在自然情境下把握儿童成长的环境特征，全面、深入了解他们的生活经历、情感变化和思想观念。此外质性研究更适合于采用归纳法进行自下而上的理论构建，因而在理论建构尚不成熟的该领域采用质性研究就显得十分重要。除了质性研究使用较少外，更为遗憾的是由于方法和技术的限制研究者仅对访谈内容进行了简单归纳和描述，并没有将这些资料的进行最大限度的分析和挖掘，所得结论不够客观和全面。鉴于此对所得资料进行严格的编码和分析，以更真实地反映留守儿童的内心世界就显得十分必要。北京师范大学发展心理研究所的方晓义、刘霞、赵景欣、申继亮、张莉等借助质性分析软件Nvivo对质性数据进行编码和分类，对现象进行解释并对变量间的关系进行挖掘，得到了深度的有关留守儿童信息，为留守儿童的理论发展做出了巨大贡献。这种质性分析方法亟需进行宣传和推广，以发挥具有情境性的质性数据如图片、学生作文等原始文档资料的最大价值，从而更为系统、全面、客观、真实地解释现象。这对现实生活中的预防和干预也具有重大的理论价值和实践意义。
此外，目前多数研究大多只是对留守儿童和非留守儿童之间的差异进行简单、粗略的横向比较，很少采用回溯或追踪比较的纵向研究方法。显然，对于很多儿童而言，留守只是成长过程中的暂时性现象。留守对于儿童成长的影响，可能是即时的，但更有可能是长远的。因此，对于留守儿童的研究，纵向的追踪远远要比横断的调查重要得多。此外，在纵向研究中应充分考虑各种因素，如地域、父母外出打工时儿童的年龄、外出打工时间，以及父亲单独出去打工、母亲单独出去打工还是父母共同出去打工。只有这样，才能得出精确、有说服力的结论。
(三)多学科交叉研究
自留守儿童问题引起社会关注后，诸多学科的学者基于各自的理论视角和研究方法对留守儿童现象进行了多方位的探讨，多学科的研究既相互交叉又各有侧重，形成了百花齐放、百家争鸣的局面。举例来说，留守儿童的性别、分布、生活形态和居住类型等是人口学者重点关注的内容，教育学者则集中于从家庭教育和学校教育两个方面对留守儿童问题进行考察。与此同时，心理学者习惯于通过量表测量来考察留守儿童的心理状况，而社会学者更为重视的则是留守经历对于儿童社会化过程的影响。但遗憾的是，各个学科领域的研究过分局限于本学科领域的知识体系，忽视了不同学科之间的横向联系与协同合作，从而导致留守儿童的相关研究缺乏整体性和深入性。要系统的理解和解决留守儿童问题，不仅需要学科分化，还需要多学科视角下的联合研究。只有这样才能服务于社会，服务于留守儿童的发展。因此需要汇聚不同学科的研究队伍，整合社会多个领域的资源，并尽可能多开展一些纵向研究，从而收集到具有高质量、权威性、具有多层次特征的数据，这样的数据提供的资料以及分析结果将会成为政府决策、实践预防和干预最有力的佐证，从而为留守儿童带来更多的福社和公平正义。
(四)加强理论反思
当前有关留守儿童的实证研究已非常多，他们探讨了有关留守儿童的各种前因变量、中介变量和后果变量，但几乎没有学者将以往文献进行整合，把各种变量有机地整合到一个理论框架中，致使当前得到的只是有关留守儿童数量众多但却比较分散甚至相互矛盾的结论。因此亟需对以往的研究成果进行深入分析、挖掘和梳理，采用自上而下和自下而上相结合的方式从中提炼出一个理论框架，将各种变量纳入进来，为后续实证研究的开展提供理论基础。前文己经提到，人类学、社会学、教育学和心理学等学科的学者都针对农村留守儿童问题开展了大量研究，这些学科的理论在某一方面都可以用来对留守儿童在发展中的问题进行解释和说明。从更广泛的角度来说，凡是与人有关的各种理论和学说，都存在着用以解释留守儿童问题的可能性。更为重要的是，关于留守儿童的研究不能局限在这些己有学科和理论的基础上，而应该是加强理论反思，博采众长，参考多学科的研究成果，提出留守儿童自身问题的独特性、综合性理论，并用以指导留守儿童的研究实践。
(五)国际比较研究
虽然农村留守儿童是中国城乡一体化过程中出现的一种典型的社会现象，但类似的亲子分离现象在世界各国并不少见。虽然由于各自的文化和价值观差异致使各国的留守儿童现象有所不同，但依然有很多相似和共通之处。因此可以对留守儿童现象进行国际比较，借鉴其它国家的成功经验并相互交流和探讨留守儿童问题的对策。如仅将户籍用来统计数据，方便人口管理，像美国一样使它与各项社会资源如教育、医疗、社会保障、养老金、退体金等脱钩，使迁出地的孩子能够享受与当地孩子完全相同的教育、医疗等各方面资源，从根源上消除留守儿童产生的原因。其次，应加大对未成年人的保护力度，对未成年人保护法进行修订，加大对儿童、特别是留守儿童的保护力度，如教育资源的平等享有，改进校车制度、营养餐的规定等。再次，像加拿大一样开办儿童健康记录卡，将孩子的接种疫苗，受伤情况，过敏情况，家族病史等都记录在案。从而在制度和法律层面上给予未成年尤其是留守儿童以保护，使他们健康地成长。
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