第一，两种疾病的病原体不同。流感由流感病毒引起，流感病毒包括甲型、乙型和丙型三种;普通感冒可由多种病原体引起，如鼻病毒、腺病毒、细菌及支原体等，一般人在受凉、雨淋、过度疲劳后，因抵抗力下降时容易发病。
第二，两种疾病的临床表现不同。与流感相比，普通感冒主要表现为打喷嚏、流鼻涕等上呼吸道症状，全身症状较轻，不发热或仅有低热，一般3至5天痊愈。流感的表现全身症状较重，突然畏寒、发热、头痛、全身酸痛、鼻塞、流涕、干咳、胸痛、恶心、食欲不振，婴幼儿或老年人可能并发肺炎或心力衰竭。中毒型流感病人则表现为高热、说胡话、昏迷、抽搐，有时可以导致人死亡。
第三，流感与普通感冒的传染性不同。流感病毒存在于病人的呼吸道，在病人咳嗽、打喷嚏时经飞沫传染给别人，流感的传染性很强，由于这种病毒容易变异，即使是患过流感的人，当下次再遇上流感流行，仍然会感染，所以流感容易引起暴发性流行。普通感冒较流感传染性要弱得多，往往是个别出现，很少像流感流行那样病人成批大量出现。
第四，流感与普通感冒的流行特点不同。流感的流行有明显的季节性和周期性，常易发生暴发、流行甚至大流行。流行季节常在某些局限的范围，如社区或单位发生暴发;当新的亚型产生时则可出现大流行甚至世界性大流行，如目前流行的甲型H1N1流感。普通感冒只是个别散发出现。
第五，流感有季节性和周期性。在温带和寒温带地区，流感的流行通常发生在冬春季，而在热带和亚热带地区，则更多是在夏季流行。大流行时季节性不明显。由于甲型流感病毒抗原的易变性、人类对流感免疫的不持久性及流感疫苗的有限性，致使流感流行呈现周期特点，一般3至4年一次小流行，10至15年一次大流行。乙型、丙型流感周期性不明显。
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